Con base en el artículo tercero de la Ley de la CNDH, este organismo público cuenta con competencia en todo el territorio nacional, para conocer de quejas relacionadas con presuntas violaciones a los derechos humanos cuando éstas fueren imputadas a autoridades y personas servidoras públicas de carácter federal, con excepción de los del Poder Judicial de la Federación y en materia electoral.
Los escritos de queja son objeto de un examen preliminar, para determinar su admisibilidad y una vez admitido, se le asigna un número de folio y se turna de inmediato a la Visitaduría General que corresponda de acuerdo al tema y autoridad presuntamente involucrada, se identifica la competencia y el concepto de la violación denunciada, para lo cual se procede a la calificación de la queja.
El Reglamento Interno de la Comisión Nacional de los Derechos Humanos en su artículo 96 establece que acuerdo de calificación puede ser: I. Presunta violación a derechos humanos; II. Orientación directa; III. Remisión; IV. No competencia de la Comisión Nacional para conocer del escrito de queja; V. No competencia de la Comisión Nacional con la necesidad de realizar orientación jurídica, cuando no se desprenda hecho presuntamente violatorio y la quejosa o el quejoso pueda ser canalizado ante una autoridad o dependencia pública, y VI. Pendiente, cuando el escrito de queja no reúna los requisitos legales o reglamentarios, o sea confuso, y la omisión pueda ser subsanada.